Covid-19 : Les tests "classiques" permettent-ils de détecter le variant breton ?
La Direction générale de la santé (DGS) a annoncé lundi 15 mars l’apparition d'un nouveau variant du coronavirus SARS-CoV2 en Bretagne. Les porteurs confirmés avaient tous présenté un test PCR négatif. Alors, ce nouveau variant pourrait-il vraiment échapper aux tests classiques ?
Un variant autochtone. Après avoir être alertée par le centre hospitaliser de Lannion (Côtes d'Armor) fin février, la Direction générale de la santé (DGS) a confirmé l'apparition d'un nouveau variant en Bretagne. Le résultat du séquençage est tombé samedi 13 mars : 79 cas ont été identifiés, dont huit porteurs du variant, selon un communiqué du ministère des Solidarités et de la Santé. L’Agence régionale de santé (ARS) de Bretagne a annoncé, ce mardi 16 mars, le lancement d’une étude flash pour connaître sa circulation.
+ le traçage des cas contacts plus poussés
— Ouest-France 22 (@OuestFrance22) March 16, 2021
+ une enquête flash avec séquençage des prélèvements positifs pour connaître la circulation dû variant.
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Lors de la conférence de presse de mardi, Stéphane Mulliez, directeur de l'ARS Bretagne, a précisé que "parmi ces cas, certains étaient identifiés alors qu'ils ne réagissaient pas au prélèvement nasopharyngé. "
Un variant indétectable par les tests ?
Ce variant a été repéré chez certains patients qui avaient présenté un test PCR négatif. Cela ne veut pour autant pas dire qu'il est définitivement indétectable avec tous les tests classiques. Selon Philippe Froguel, généticien et professeur au CHU de Lille et à l'Imperial College de Londres, cela pourrait dépendre du timing et du type de tests. "Ces patients sont déjà hospitalisés. Donc, si le virus était présent plus tôt, il est possible qu'il n'ait pas été détecté lors du test."
Pierre Tattevin, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Rennes, a donné une explication similaire ce mardi matin sur BFMTV : "Les tests PCR sont négatifs […] parce que les patients n’en excrètent pas au niveau du nez. Quand on fait des prélèvements plus profonds - par exemple quand les patients sont en réanimation et ont besoin de prélèvements pulmonaires - le test est positif."
Pour confirmer la présence de ce variant, faudrait-il donc un test PCR sur des prélèvements respiratoires plus profonds ? "Ce n'est pas faisable pour surveiller le variant car ce type de test est seulement réalisable pour les patients en réanimation. La meilleure façon est de séquencer le résultat des tests négatifs des patients qui ont des symptômes habituels du Covid-19", a jugé Philippe Froguel.
Un exemple pour le retard de séquençage en France
Selon l'expert, ce variant breton a démontré justement la lenteur du séquençage en France. "On n'a toujours que les enquêtes flash de Santé publique France pour séquencer le virus. Mais il n'est pas régulier. De plus, le résultat ne reflète pas une situation réelle car la plupart de ces séquençage sont faits sur les patients hospitalisés", critique Philippe Froguel. Avec le variant breton, on a déjà trouvé le cluster fin février, mais il nous a fallu trois semaines pour séquencer. "
Pour le moment, ce variant breton "20-C" - son nom scientifique - a été classé dans la catégorie des variants sous surveillance de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Il est surveillé par la communauté internationale mais pas jugé préoccupant comme les variants d’origine anglaise, brésilienne ou sud-africaine.
Yiqing Qi